Por defecto, Discourse intenta ocultar, por ejemplo, firmas y mensajes anteriores cuando envías un correo electrónico a una categoría, ya que las publicaciones a una categoría suelen ser públicas. Estas partes se eliminan porque podrían contener direcciones de correo electrónico que el usuario no pretendía compartir con todos los que pueden leer las publicaciones de esa categoría.
Creo que la configuración relacionada con eso es Trim incoming emails (Recortar correos electrónicos entrantes) y Always show trimmed content (Mostrar siempre contenido recortado). También recuerdo algo sobre Incoming email prefer HTML (Preferir HTML en correos electrónicos entrantes). Pero no recuerdo exactamente cómo interactúan.
Para el problema de que las respuestas creen nuevos temas, deshabilitar Find related post with key (Buscar publicación relacionada con clave) podría ayudar. Pero como dije, no tengo experiencia con estas configuraciones.