Поддерживаемый способ добавления "IncludeSubdomain" в заголовки STS

Сначала я бы сделал именно это, так как это проще всего. Как только вы разберётесь, следующим по простоте шагом будет копирование этого файла в другое место, чтобы избежать конфликтов с git. Лучшее решение — совместить вашу текущую стратегию с добавлением новой строки для удаления другого конфликтующего параметра.