Para sincronizar grupos entre WooCommerce y Discourse, necesitarás algo de código personalizado. El plugin WP Discourse no lo hará por sí solo. Lo más probable es que tengas una implementación de las funciones descritas aquí.
Primero deberás identificar cómo se está produciendo la sincronización (no es solo el plugin WP Discourse) antes de que pueda ayudarte más.