Oi, Andy! Cara, sinto muito que isso esteja sendo tão difícil. O link para a página de tags do seu site Public Happiness ajuda um pouco, acho que sim — você tem vários problemas estranhos por lá, como pode ver… nenhum grupo de tags, o que é bom saber. Se você ordenar por nome (alfabeticamente), verá que há tags em branco que parecem aparecer depois da letra D… bem estranho e indica algum problema maior.
Você pode confirmar que está vendo o mesmo problema no modo de segurança, com apenas plugins oficiais e sem personalizações de tema ativadas?
Você recriou sua instância removendo ou comentando no app.yml os plugins de tags não oficiais que não quer? Talvez eles ainda estejam tendo alguma influência.
Estou suspeitando que todos os espaços em branco ocorram sempre que você tem problemas ao salvar com várias tags, incluindo aquelas que são obviamente estranhas porque aparecem várias vezes na página de tags. Você pode testar isso carregando a página de tags, tentando replicar o problema novamente e verificando se uma nova tag é adicionada.
Além do que foi dito acima… se eu fosse você, começaria fazendo uma “jardinagem” de tags. 
Geralmente, você não quer ter tantas tags, e definitivamente não quer tags que provavelmente aparecerão apenas uma vez. Você pode excluir e mesclar tags por meio da página de tags. Eu iria em frente e excluiria as que estão aparecendo em duplicata, ou as mesclaria com uma tag temporária nova, certificaria de que as originais foram excluídas e, em seguida, renomearia a tag para o nome que deseja.