Я знаю, что эта тема уже очень старая, но у меня возникла та же проблема, и мне пришлось внести некоторые изменения, чтобы всё заработало.
Дело в том, что я проверил с помощью команды ./launcher logs app, и оказалось, что шаблон onion копирует множество элементов из сайта по умолчанию. Проблема в том, что некоторые из этих настроек дублируются.
Мне пришлось войти в контейнер с помощью команды ./launcher enter app, а затем отредактировать файл /etc/nginx/conf.d/onion.conf, удалив строку proxy_buffer_size 8k;.
Кроме того, мне пришлось добавить server_names_hash_bucket_size 64; в файл nginx.conf.
После этого сервер снова заработал. Я нашёл это решение, изучив логи.