Чтобы убедиться, что мы говорим об одном и том же, вы пытаетесь позволить пользователям подтверждать свои аккаунты в Mastodon через ваш сайт на Discourse, действуя аналогично описанному здесь: Get verified on Mastodon with your website | Opensource.com?
Если да, то, возможно, стоит предложить пользователям добавить ссылку либо в обычное сообщение, либо в раздел «О себе». В любом из этих случаев ссылка будет видна при сканировании сайта поисковыми ботами. Я не думаю, что можно переопределить шаблон для бота через компонент темы: Header Submenus - #134 by awesomerobot.
Проблема, с которой я столкнулся, заключается в том, что Discourse автоматически удаляет атрибут rel="me" из ссылок. Если нет обходного пути, этот атрибут, возможно, придётся добавлять в AllowLister через плагин. Я не глубоко погружён в интеграцию Discourse и Mastodon, но это может быть полезно и для других сайтов.