Раньше это точно было не так. До упомянутого @falco изменения мы довольно регулярно получали этот вопрос. Быстрый поиск показывает, что частота таких обращений резко упала после внедрения того PR.
Абсолютное большинство установок работают с Let’s Encrypt «из коробки». Проблемы возникают только тогда, когда люди используют нестандартные конфигурации обратных прокси-серверов или сетевых правил.