Под «призрачными непрочитанными» вы имеете в виду, что на самом деле ничего непрочитанного нет, просто неверный счётчик?
Недавно я наблюдал обратную ситуацию на нескольких экземплярах Discourse: непрочитанные сообщения точно были, счётчик был верным, но страница «Непрочитанные» их просто не показывала.
Похоже, это другая ошибка, чем та, о которой идёт речь здесь, но мой отчёт об ошибке был закрыт как дубликат этого.