CLIから ./launcher rebuild app を使用して手動でイメージを再構築することが解決策のようです。
Web管理コンソールから docker_manager をアップグレード（3.3.0 beta1 から 3.3.0 beta2-dev へ）中に MaxMind エラーが発生する理由がわかりませんが、CLI経由では機能します。Webコンソールから docker_manager をアップグレードする際に、依存関係が更新されるまで MaxMind をアップグレードしないようにチェックする必要があるのかもしれません。