Просто добавлю свой голос, а не ответы… 
У меня есть крошечный тестовый сайт на DO с объёмом 1 ГБ и множеством плагинов, так что обычно он работает не слишком быстро. Однако, мне кажется, в последнее время он стал работать ещё медленнее, и на днях мой сайт попал в какую-то странную ситуацию, как и у @MarcP, поэтому нам пришлось его перезагрузить.
Раньше я никогда не засекал время, но сегодня я нажал «Обновить всё» и записал время нажатия кнопки. На данный момент процесс начался в 9:30 утра и всё ещё идёт в 10:15. Сейчас он упаковывает некоторые ресурсы. Могу с уверенностью сказать, что обычно на выполнение этой задачи уходит не более 45 минут.
Кажется, возникли проблемы с правами доступа при удалении временных файлов? Не уверен, имеет ли это какое-то значение.