Cuando agregas una sección personalizada en la barra lateral, puedes hacer que esa sección (todos los enlaces de esa sección) sea visible para todos o crearla solo para ti. Ese es el propósito de la casilla de verificación.
La primera sección de la barra lateral siempre es visible para todos, no puedes cambiar eso. En general, los enlaces que agregas a esa sección son visibles para todos. Por lo tanto, cuando agregas un enlace a una categoría que solo algunos usuarios pueden ver, aquellos que no pueden aún verán el enlace. Pero el enlace al área de administración y la cola de revisión no son visibles para todos.
Hay un componente de tema Navigation (sidebar) menu display control que te permite mostrar u ocultar una sección, por ejemplo, para los visitantes.