Мы не сбрасываем настройки сайта при перестроении. Например, Meta перестраивается 15 раз в день, и сброс настроек сайта в этом случае был бы очень заметен.
Если вы можете надёжно воспроизвести любой сброс при перестроении, пожалуйста, создайте Contribute > Bug с описанием шагов.