¿Eliminar un plugin dejará archivos residuales en la base de datos?

Las notas del usuario parecen usar la tienda de complementos y los campos personalizados del usuario. Necesitarías mirar el código fuente para ver las claves utilizadas para cada uno y eliminarlas. Si no te sientes cómodo haciendo eso, puedes preguntar en Marketplace. Estimo que me llevaría entre 30 y 120 minutos.

No ocupan mucho espacio y no pueden causar ningún daño. La mayoría de la gente no se preocupa por este problema.