投稿タイプごとにデフォルトの公開ディスコースカテゴリを変更するWordPressフック

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これには wp_discourse_publish_categories フィルターフックが役立つと思います。詳細はこちらをご覧ください: WP Discourse plugin tips and tricks

「サブカテゴリを表示」オプションが有効になっている限り、サブカテゴリを使用できます。そのオプションは、WP Discourseプラグインの「公開設定」タブにあります。