Mientras me preparo para hacer esto, tengo una pregunta.
En Mastodon, existe un comando self-destruct para una salida limpia que evita problemas por el recuerdo de claves del servidor, lo cual se recomienda no solo si estás cerrando un servidor, sino también si estás restableciendo una instancia al punto de regenerar nuevas claves. No sé si te has encontrado con esto en tus pruebas hasta ahora. Parece que Mastodon realiza una eliminación de Actor para cada Actor local. No veo funcionalidad para hacer esto en el plugin, pero reconozco que podría estar pasándolo por alto.
Para el servidor Mastodon que administro, creo que tootctl domains purge debería ser suficiente, pero también he estado probando con una “alternativa” de Mastodon genérica donde no tengo acceso de administrador. 
…Hice la restauración y, de hecho, el evento tootctl domains purge no es suficiente para que pueda seguir correctamente después de la restauración. Las publicaciones simplemente no aparecen en Mastodon. He habilitado los registros detallados de ActivityPub para poder depurar más, pero no he encontrado dónde buscarlos. y ahora los he encontrado en los registros de Rails, así que debería poder investigar por mi cuenta.