Gracias por la aclaración, Loukas. He revisado el código correspondiente y es posible que podamos hacer algunos ajustes en el complemento; sin embargo, dado que existen múltiples formas de realizar actualizaciones masivas y la forma en que está diseñado Auto Publish para ser, bueno, automático, hay algunas compensaciones. No necesariamente compensaciones en tu caso, pero puede que sí en otros.
Dicho esto, sugiero que la solución aquí sea simplemente desactivar Auto Publish cuando realices operaciones masivas. No es necesario desactivar todo el complemento. Si por alguna razón te resulta engorroso, o si alguien más se encuentra con esto al usar TaxoPress u otro método de actualización masiva, vuelve aquí y lo revisaré nuevamente.