Удаление директорий ssl и letsencrypt и последующая пересборка привели к получению нового сертификата.
Это установка из двух контейнеров, поэтому обычно выполняется запуск bootstrap, а не пересборка. Я давно не сталкивался с подобными проблемами с letsencrypt. Не могу сказать, является ли это случайностью или что-то было сломано недавно.