왜 그러냐고요? 그 명령은 lockfile을 변경시키는데, 이는 정말로 피해야 할 일입니다(의도적으로 Discourse의 의존성을 변경하려는 경우를 제외하고). 의존성을 변경할 의도가 없다면, 실행해야 할 pnpm 명령은 오직 pnpm install 하나뿐이어야 합니다.
설명하신 문제들은 pnpm lockfile이 코어의 그것과 달라진(diverged) 경우 발생할 수 있는 것 같습니다. 차이점이 있는지 확인해 보시길 권합니다(예: git status나 사용하는 git GUI를 통해). 차이점이 있다면 이를 되돌리세요(예: git restore pnpm-lock.yaml).
관련 사항: 설치 스크립트에서 --fix-lockfile 옵션을 제거하는 것도 추천합니다. 코어의 lockfile은 절대 '수정(fixing)'이 필요하지 않으므로, 로컬에서 이 옵션을 실행하면 오히려 lockfile이 달라지는 문제만 초래할 가능성이 큽니다.
참고로 devcontainer 설정을 사용해 보셨나요? 이 설정은 이러한 종류의 유지보수 작업을 거의 완전히 제거하는 것을 목표로 합니다.
물론 이 문제가 실제로 pnpm lockfile을 수정한 것에서 비롯된 것이라면, devcontainer 환경에서도 같은 문제가 발생할 수 있습니다 