標準のインストールでは、Discourse（したがってプラグイン）はDockerコンテナ内で実行されます。そのコンテナはホストファイルシステムへの完全なアクセス権を持たないため、ホストの/var/discourseディレクトリにアクセスしてapp.ymlを変更したりlauncherを実行したりすることはできません。
たとえできたとしても、ここには少し循環的な依存関係があります。./launcher rebuildを実行するとDockerコンテナが停止し、プラグインから開始したlauncher rebuildも停止してしまいます 
ここには潜在的な解決策があります。例えば、追加のDockerボリュームマウントを追加して、コンテナ内から設定/ランチャーにアクセスできるようにするなどです。しかし、それは簡単ではありません。
私の記憶が正しければ、誰かがかつて「プラグインマネージャー」プラグインを作成しました。それには、ボリュームマウントなどを追加するためにapp.ymlのいくつかの調整が必要でした。しかし、今ではそのトピックを見つけることができないため、メンテナンスされていないと推測されます。誰かが見つけたらリンクを共有してくれるかもしれませんか？（あるいは、それはすべて夢だったのかもしれません 
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CDCK側では、顧客が自由にインストール/更新/アンインストールできるようにしたい場合は、テーマを使用することにしています。人々が任意にプラグインをインストールできるようにすることは、同じサーバーで実行されている他の顧客に影響を与える可能性があるため、オプションではありません。