Дело не только в цвете фона, но и в удалении отдельного контейнера для контента.
Когда боковая панель и контент находятся в разных контейнерах, требуется отступ между контентом и краями обоих контейнеров.
Когда контейнеры удалены, нужен только отступ между элементами, так что в итоге отступ уменьшается вдвое.
Да, похоже, где-то в медиа-запросах есть разрыв в 1 пиксель. Это должно быть легко исправить (редактирование: только что объединил исправление).