Solo para confirmar, ¿estás usando el interruptor Claro/Oscuro en el núcleo o el antiguo componente de tema Customization > Theme?
Además, hay logotipos claros y oscuros para escritorio y móvil.
Si estás en móvil, es posible que necesites subir los 2 logotipos en la sección de logotipo móvil de esa página en tu imagen. Si no me equivoco; si no se ha subido ningún logotipo, se utilizará el logotipo principal (el primero en tu imagen) para los logotipos no subidos.