Извините за неудобства. Мне интересно: когда вы последний раз пересобирали проект до этого?
Мы только что проверили и протестировали процесс обновления, но не смогли воспроизвести проблему. Наши тесты показывают успешное обновление, поэтому либо что-то не происходит на нашей стороне, либо есть различия в том, как работает обновление в тестовой и продакшн-средах Let’s Encrypt.
Также могу подтвердить, что пересборка вашего сайта принудительно запускает процесс обновления, если другие методы не помогут.
Мы используем acme.sh под капотом (в контейнере по пути /opt/acme.sh). Если вы хотите, вы можете зайти в запущенный Docker-контейнер и запустить этот скрипт, чтобы проверить или выполнить обновление вручную.