Parece estar funcionando em um site que acabei de reconstruir.
Minha única suposição é que você de alguma forma colocou essas configurações no lugar errado (e pelo que você incluiu, isso parece improvável).
Isso mostra suas credenciais Maxmind assim para você?
root@figgy:/var/discourse# ./launcher enter app
root@figgy-spm:/# set|grep MAXM
DISCOURSE_MAXMIND_ACCOUNT_ID=12345
DISCOURSE_MAXMIND_LICENSE_KEY=mycoolkey
root@figgy-spm:/# grep maxm /var/www/discourse/config/discourse.conf
maxmind_license_key = 'mcoolkey'
maxmind_account_id = '12345'
Então você faria
./launcher enter app
set|grep MAXM
grep maxm /var/www/discourse/config/discourse.conf
você também pode verificar se o Rails as tem (ainda dentro do contêiner):
rails c
E então
GlobalSetting.maxmind_account_id
GlobalSetting.maxmind_license_key
Espero que, de alguma forma, você não tenha suas coisas na seção env: do app.yml (embora seus comentários colados sugiram que elas estão no lugar certo), o que seria fácil de corrigir.