Я думаю, вы всё правильно поняли. Тем не менее, я бы создал тестового пользователя, чтобы убедиться, что всё работает как ожидалось.
Я бы описал «разрешённые группы для чата» как общее setting. Вы не можете использовать какие-либо функции плагина чата, если не имеете права на использование чата.
Каналы чата основаны на категориях, поэтому доступ к ним контролируется через настройки безопасности категорий. Именно поэтому для них нет отдельного setting.
Возможность создания личных чатов (1:1 или групповых) контролируется настройкой «разрешённые группы для прямых сообщений».
Все настройки чата независимы от настроек личных сообщений (тех, которые похожи на темы, имеют заголовок и отображаются во входящих).
Единственное пересечение — это права доступа для каналов чата и тем. И то, и другое основано на настройках категории.