Чтобы снизить сложность, я рекомендую убрать всё, что связано с отказом от пересборки и входом в контейнер для клонирования. Это излишне и не является стандартным способом управления плагинами.
Почти все администраторы будут периодически выполнять пересборку, поэтому наиболее важным аспектом является сохранность данных, и метод app.yml в данном случае оптимален.
Вы также можете дать ссылку на стандартные инструкции, подробно описав только уникальные шаги.