Si el enlace canónico está en el HTML, está funcionando. Ya has verificado que funciona como debería 
No quiero ser difícil. Aprecio que el SEO sea una pregunta sensible e importante para muchos sitios.
Sin embargo, una herramienta de SEO solo hará la misma comprobación que ya has hecho. No te dirá nada más de lo que ya sabes.