Parece que você tem tanto Diretrizes quanto FAQ no menu - acho que é isso que faz com que ele transborde. Se eu adicionar FAQ ao meu site, acontece o mesmo.
Um pouco de CSS adicional pode fazer com que ele quebre a linha:
.nav-pills {
flex-wrap: wrap;
}
Reduzir o gap em .nav-pills também pode ajudar um pouco.
(Este foi apenas um teste rápido com as ferramentas de desenvolvedor do navegador. Você pode ter que ser mais específico com os seletores se não quiser afetar .nav-pills em outros lugares.)