У вас всё в порядке. Вы установили ruby-railties в хост-операционную систему. Это не повлияет на вашу установку Discourse, но в будущем может вызвать путаницу, если вы забудете снова выполнить enter app, так как вместо консоли Rails в Docker вы можете случайно открыть её на хосте.
Команда apt remove ruby-railties безопасна для выполнения — просто убедитесь, что вы не находитесь внутри контейнера Docker.