Это мне воспроизвести не удалось. Если у меня есть тег, который использовался только в личном сообщении или в теме из ограниченной категории, то пользователь без доступа к этим темам не видит этот тег в списке тегов.
Единственное неприятное поведение, которое я наблюдаю в данный момент, связано с удалёнными темами, о которых я упоминал.