Хорошо, я переписываю свой ответ, так как, кажется, наконец-то разобрался, что здесь происходит 
Как отмечает @ninjapenguin, если у вас есть тег и вы удаляете все темы, к которым он применён, тег всё ещё отображается на странице тегов, а счётчик остаётся неизменным. Я полагаю, это происходит потому, что темы всё ещё технически существуют и продолжают хранить этот тег.
@syl, если вы перейдёте к списку тем тега tete, как показано на вашем скриншоте, и затем добавите
?status=deleted
в конец URL, вы увидите два удалённых списка тем с тегом tete.
Информационное сообщение на вашем втором скриншоте соответствует количеству удалённых тем, к которым применён этот тег.
Мне кажется, что при подсчёте и перечислении тегов удалённые темы, вероятно, не следует учитывать, но это может быть не самым простым изменением, учитывая, как всё хранится в базе данных. Что вы думаете, @codinghorror?