Nessun problema 
sono felice che tu abbia risolto.
Il problema è che stai eseguendo la sostituzione incondizionatamente e questo interferisce con le cose a valle. Una correzione minima sarebbe eseguire la sostituzione solo se è effettivamente presente (c), detto questo, sconsiglierei comunque questo hack e farei questo nel markdown prettify. ™
In passato abbiamo disabilitato questa sostituzione qui:
Quello che vuoi è una sorta di plugin che la riabiliti.