Существуют настройки сайта disable_tags_edit_notifications (и disable_category_edit_notifications), которые можно включить при массовом изменении тегов/категорий. Вы пробовали их использовать?
Мне кажется, в новом модальном окне для массовой разметки также есть флажок, определяющий, следует ли уведомлять пользователей. Вы использовали эту опцию, и пользователи всё равно получали уведомления?
