В теме вы, вероятно, могли бы реализовать это, добавив настройку, которая сохраняется в localStorage. Недостаток в том, что пользователям придётся менять предпочтения в каждом используемом браузере.
Можно создать несколько тем, но это усложнится, если вы захотите предложить больше тем, изменяющих стили помимо шрифта.
Плагин будет немного сложнее в реализации, но, скорее всего, это самый бесшовный способ, так как вы сможете добавить настоящие настройки вместо того, чтобы полагаться на хранилище браузера или создавать множество тем.