Проблема решена, читаю исходный код.
Скрываются не только muted или игнорируемые пользователи, но и те, кто указан в disallowed_pms_from.
У моего пользователя были отмечены оба флажка настроек личных сообщений, и в белом списке не было выбрано ни одного пользователя.
