Если вы проанализируете эту страницу, то увидите, что у нас есть два разных URL-адреса CloudFront. Поэтому мы используем описанный выше подход: два дистрибутива — один для обычного CDN, а другой для S3.
Проблема, упомянутая в заголовке вопроса автора (OP), заключается в следующем: CSS-файлы загружаются из приложения, а JS-файлы — из S3. Вам нужен CDN, который «понимает», откуда поступает каждый отдельный ресурс, и может обращаться к нужному месту, либо два CDN. Именно поэтому у нас в итоге две разные настройки.