なるほど。メインサイトのURLもデータベースに保存されているのですか？それなら、ローカルインスタンスの設定の問題ではないということですね。その場合、両方のインスタンスが同じものをサービスしようとするのは明らかです。
そして、2台構成でもDiscourseが適切なテーマを選択するのに全く役立たないというのは、おっしゃる通りです。
今思い出したのですが、コンテンツにも問題があるでしょう。Discourseにリンクを貼り付けると、URL全体が貼り付けられます。そのため、他のサイトで作成されたトピックを読んでいる人は、リンクをクリックするとそこに誘導されることになります。アップロードも同様で、Uploads Path Should Update When URL Changes in app.yml During Container Rebuild を参照してください。
別の問題はメールでしょうか？通知メールはどのドメインから送信されますか？別の問題として、ソーシャルプラグイン（Facebookなど）やGoogleログインは、間違ったサイトにリダイレクトされる（あるいはサインインを拒否する）可能性があります。