¿Se puede personalizar la plantilla de correo electrónico para nuevos mensajes de chat?

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Sí, tienes razón, esas plantillas de correo electrónico no están en la sección habitual.

Creo que lo único que puedes hacer es buscar el texto de la plantilla de correo electrónico y reemplazarlo a través de Admin > Personalizar > Textos del sitio.