Хорошо, решение от @Falco сработало, но мне пришлось пойти окольным путём.
- Я сделал форк оригинального репозитория
- Клонировал его локально на своей машине разработчика
- Создал свою ветку от нужного коммита
git branch foo ec64ae8
- Отправил эту ветку на свой GitHub
git push -u origin foo
- Обновил свой app.yml с помощью
git clone -b foo git@github.com:my-repo.git
Кажется, должен быть более простой способ, но этот вариант решает задачу. Спасибо за подсказку, @Falco!