ダークモードのロゴが動作しません

念のため確認ですが、Light/Darkの切り替えはコア機能を使用していますか、それとも古い#customization:theme-componentを使用していますか?

また、ロゴにはデスクトップ用とモバイル用のLight版とDark版があります。

モバイルをお使いの場合、そのページの「モバイルロゴ」欄に2つのロゴをアップロードする必要があるかもしれません。もし間違っていなければ、ロゴがアップロードされていない場合は、メインロゴ(画像の最初のもの)が代わりに使用されます。