Единственное, что будет установлено, — это Docker.
Выглядит хорошо.
Файл app.yml создаётся командой discourse-setup. Вы не сможете запустить discourse-setup, если он не имеет доступа к портам, но если вы изучите исходный код, то увидите, что можно использовать ./discourse-setup --skip-connection-test и запустить его в любом случае.
Ваш nginx будет отвечать за Let’s Encrypt, поэтому вам нужно закомментировать шаблон Let’s Encrypt. Я подозреваю, что это описано в теме о обратном прокси, на которую есть ссылки выше и ниже.
Смотрите Использование Nginx Proxy Manager для управления несколькими сайтами с Discourse или Запуск других веб-сайтов на той же машине, что и Discourse (который уже был упомянут).