В округлённых цифрах у вас 1 ГБ ОЗУ и 2 ГБ подкачки, и из лога видно, что у ember закончилась память. У вас 16 ГБ свободного места на диске — я бы предложил добавить файл подкачки размером 2 ГБ и попробовать снова.
Редактирование: пересеклись в посте. Действительно, временное увеличение объёма ОЗУ — ещё один вариант. Обязательно проводите обновление осторожно, чтобы можно было вернуться к более дешёвой конфигурации — обычно это означает сохранение размера диска без изменений.
Редактирование: есть несколько параметров ядра, которые следует настроить для снижения потребления виртуальной памяти. См.
Мнение MKJ о конфигурации развёртывания Discourse