Discourse を iframe で使用しようとするのを私たちが止めることはできませんが、他のトピックでも注意喚起されている通り、それは不安定で問題が生じやすいことが予想されます。また、iframe に関連する問題の解決に時間を費やすつもりはありません。
むしろ、Discourse のテーマ化で直面している問題を詳細に説明していただく方が、私たちがサポートしたり、プロセスの改善に役立てたりできるため、時間の有効な使い方になるかもしれません。過去数年でテーマ化機能は大幅に改善され、可能な範囲で引き続きサポート・改善していきたいと考えています。
カスタマイズが他よりも明らかに難しい要素も存在し、ヘッダーはその一例です。これはパフォーマンス向上のために仮想 DOM（Virtual DOM）が実装されているためです（https://meta.discourse.org/t/a-tour-of-how-the-widget-virtual-dom-code-in-discourse-works/40347）。
したがって、ヘッダーにコンテンツを挿入したい場合は、管理 UI から前後にコンテンツを追加するのではなく、そのシステムを利用する必要があります（詳細は Developing Discourse Themes & Theme Components の「高度なプラグイン API」セクションで解説されています）。また、既存の Customization > Theme component にはヘッダーコンテンツを操作する良い例もいくつかあります（例：https://meta.discourse.org/t/custom-header-links/90588）。