Кстати, я не согласен: я считаю, что в (2) правка: общем случае [text](URL) (назовём его 2a) URL ссылки должен переписываться так же, как и в пункте (1). (Я согласен, что текущее поведение, при котором переписывается текст, но не URL, совершенно неработоспособно.) Я выбираю между вариантами (1) и (2a) исходя из того, полезно ли или отвлекает ли читателя видимость URL, а не исходя из каких-либо намерений относительно того, должна ли ссылка указывать на версию кода на момент написания или на момент чтения. Конечно, я осведомлён о проблеме постоянных ссылок, поэтому, когда мне нужна постоянная ссылка, я создаю её сам. Но в более общем смысле, если администратор Discourse решает включить бот постоянных ссылок, то, presumably, это потому, что он считает, что большинство его пользователей не осознают риск того, что ссылки на основе имен веток могут устареть, и я не думаю, что использование синтаксиса ссылок Markdown служит сколько-нибудь значимым сигналом того, что конкретный пользователь осведомлён о проблеме, но хочет отказаться от переписывания именно этой ссылки.
Но я думаю, что мы оба здесь лишь строим догадки. Как продвинутый пользователь, я не особо заботлюсь о том, какое значение установлено по умолчанию, пока у меня есть возможность переопределить его при необходимости.