De acuerdo, resolví los problemas con las entradas faltantes en el historial de git y los commits que aparecían como eliminados cuando en realidad no lo estaban.
Esto resultó ser un caso interesante. El cambio se backporteó a la rama de lanzamiento, por lo que los commits mostrados eran técnicamente correctos. Simplemente tienen diferentes hashes de git.
Para que esto quede más claro, ahora estoy mostrando ambos PR para cada rama.
También limpié una serie de problemas menores. Ahora verá si un commit pertenece solo a latest o a ambas ramas, e indicará cuándo una cadena simplemente se movió a un archivo diferente sin cambios reales.
Si encuentra alguna otra inconsistencia, por favor hágamelo saber.