Да, это просто способ сгруппировать их и указать, что это «встроенные» плагины. Кроме того, это служит маркером для тех, у кого этот тег установлен как «Следить за первым сообщением», чтобы они получали уведомление о появлении новых плагинов.
Таким образом, добавление тега, обновление описания установки и создание нового сообщения в теме плагина с сообщением «хорошие новости, друзья 
теперь он встроен и не требует отдельной установки, blah-blah, удалите из app.yml» — это обычно мета-часть процесса. (Возможно, несколько иной подход, если плагин действительно перемещён в ядро, а не просто встроен как плагин). Цель — выполнить это как можно ближе к моменту события. 
Надеюсь, также будет добавлено сообщение в панели администратора, но это уже отдельная задача.
Для более полной картины стоит отметить, что в представлении встроенных плагинов здесь, на Meta, и в интерфейсе всё ещё есть некоторые несоответствия. У некоторых нет тем плагинов (опросы, Discobot, скрытие деталей, локальные даты и т. д.), а некоторые скрыты со страницы плагинов на сайтах (чат, опросы, Discobot и т. д.). Было бы неплохо устранить эти несоответствия, чтобы новичкам было проще понять, что есть что.