Я не совсем понимаю, что вы вкладываете в понятие «два контейнера», но если вы предполагаете, что два контейнера означают два отдельных экземпляра Discourse, то вы смотрите не в ту сторону.
Эта статья поможет вам настроить отдельный контейнер приложения и базы данных, что полезно для продвинутых пользователей, ищущих гибкость.
Если вы хотите установить/разместить два сайта Discourse на одной машине, возможно, стоит посмотреть на Multisite для Discourse:
Multisite configuration with Docker