Привет, @th21!
Я ещё новичок здесь, но, полагаю, если вы не удалите свой каталог /shared, все ваши данные останутся в безопасности. То, что изменит ./discourse-setup, — это плагины, настройки SMTP, а затем будет выполнен перезапуск rebuild. Я бы посоветовал подождать дополнительных подтверждений, так как я сам новый пользователь, но я почти уверен в этом.
Всегда можно сделать резервную копию и восстановить её позже. Подробнее об этом читайте в этой статье.