Возможно, настроить Cloudflare перед обоими сайтами с правилом для маршрутизации трафика на Discourse для подпапки. Мне неизвестно ни об одном таком случае. Вам, скорее всего, придётся нанять специалиста или разобраться самостоятельно. Просто следуйте теме здесь о установке в подпапке и любым материалам Cloudflare на эту же тему.
Мне казалось, что мнение о том, что подпапка лучше для SEO, уже устарело. Я бы рекомендовал использовать поддомен, но если у вас есть бюджет, свяжитесь со мной или напишите в Marketplace.