バックアップも S3 で動作するようになりました。そのため、古いアップロードと新しいアップロードの両方が S3 で動作しています。SSL と DDoS 対策には Cloudflare を、アップロードおよびバックアップのプルゾーンには BunnyCDN を、S3 ストレージには BackBlaze を使用しています。今はすべて問題ありません！
なお、環境変数は以下の通り app.yml に定義することをお勧めします：Configure an S3 compatible object storage provider for uploads
その後、再構築を行って S3 設定を管理パネルだけでなくグローバルに定義してください。こうすることで、古いファイルを S3 に移行する際に、以下の 3 つのコマンドで簡単に移行できます：
./launcher enter app
rake uploads:migrate_to_s3
rake posts:rebake