Не уверен, что переопределение канонического URL с помощью JavaScript сработает, поскольку это вопрос уровня паука (то есть части, которая извлекает и собирает данные), а не уровня индексатора (части бота, которая интерпретирует данные и сохраняет их в поисковый индекс).
Непрошеный совет: возможно, стоит прочитать эту тему, чтобы вы могли разместить эти переопределения в плагине: